工藤新一是国内知名的高中侦探。不幸的是，他是在调查黑衣人犯罪团伙时被团伙成员创造的。被击晕后，他被喂了一种魔法药水。工藤新一变成了孩子！新一找到了经常帮助他的阿嘉医生，医生为他制造了很多间谍武器。为防止犯罪团伙报复他，真一决定隐身，暗中追查，特意拿到解药。一天，新一的女友毛里兰来到阿嘉医生的家中寻找男友的下落。小兰遇到真一时，真一给自己起名叫江户川柯南，之后柯南就住在了小兰家里。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以利用他和他一起调查暗夜人的下落。柯南在小学就认识了步美等小学生。他们一起组织了一对年轻的侦探对，向犯罪分子宣战！
