几年前，人类曾在南极洲用超级战舰“RangTian”击败了“哥斯拉”，并将“哥斯拉”封印在地下。但除了“哥斯拉”之外，地球上还有很多怪物，虎视眈眈地盯着人类各大城市。因此，人类成立了“地球防卫部”来应对各种魔物的入侵。地球防卫队最强大的成员是“轰隆”号和当年封印哥斯拉的舰长“道格拉斯·戈登上校”。此外，为了应对魔物给人类带来的麻烦，地球防卫省还挑选了拥有特殊能力的人类。这些“超人”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有了比普通人类更强的身体能力。而匆匆忙忙，为了应对怪物的报复，其中最出色的就是“尾崎新一少尉”。前不久，人们挖出了一个巨大怪物的遗骸，这个怪物拥有机械和生物的本质。怀疑这种能结合生物和机械的怪物，应该是来自外太空。很快，尾崎新一就接到了婴儿岛“小美人”的警告。这个怪物就是当年被“魔斯拉”封印的“盖刚”。盖刚的出现代表着人类的危机。盖出土没多久，世界各地突然同时遭受了各种魔物的报复，一时间让地球防卫部忙得不可开交。但是突然出现的神秘飞行器把这些怪物全部带走了。这些自称“X星”的外星来客证明自己是人类的朋友，想要与人类建立联盟，甚至声称有一颗巨大的行星即将撞击地球。然而在尾崎新一、道格拉斯等人的调查下，却发现并没有一颗即将撞击地球的神秘星球。而那些怪物基本上都是入侵地球的外星人放出来的，而X星球基本上就是想把人类当作食物。虽然外星人的真面目已经暴露，但外星人拥有不可思议的超能力，在外星人的指挥下还有庞大的怪物。地球防卫军终于全军覆没，只剩下洪天号还在徘徊。这时，道格拉斯想出了一个大胆的策略，那就是在南极洲解开哥斯拉的封印，让代表地球上最强大怪物的哥斯拉去面对这些外星入侵者……
