2002年X档案上映六年后，前联邦特工达娜·斯凯利（吉莉安·安德森饰）被转移到一家教堂医院担任医生，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼饰）过着隐居的生活，与超自然现象有关。一天，联邦调查局特工前来寻求帮助。原来，一段时间以来，弗吉尼亚州的几名女性相继神秘失踪，甚至包括化名联邦特工。由于约瑟夫神父（比利康诺利饰）声称看到了犯罪现场，联邦调查局希望拥有丰富超自然案件经验的穆德和斯凯利协助观察。然而，随着观察的深入，Mulder和Skelly发现案子比他们想象的要暗得多。这对合作多年的搭档正面临着巨大的考验……本片是美剧同名剧场版的第二部。
