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近期，为了促进社会繁荣，日本政坛领导人宣布正式启动“方舟计划”，以提升智能机器人的研究水平。秉持正直之心的光彩吉信彦博士（长岛和四郎饰）参与其中。但相关负责人实际上是想打着“方舟计划”的幌子研发军用机器人。此后，光明寺博士因意外事故无缘无故去世，留下即将上大学的女儿水野（厚川爱美饰）和未成年的儿子小生（池田雄斗饰）。一天晚上，姐弟俩被一群不明身份的人劫持。关键时刻，一名神秘男子伸出援手，随后这名男子以战斗机器人的形式出现。他是光明寺博士生前专门给他安装了良心电路的智能机器人。二郎（入江真一饰演）。光明寺兄妹的命运就这样与二郎纠缠在一起，更大的危机和阴谋正在向他们逼近……
