1991年，香港黑帮头目倪坤被杀。倪家五位掌门人中，除了韩沉（曾志伟饰）外，都伺机背叛攻击。不料，不起眼的倪家二代倪永孝（吴振宇饰）不战而亡。此举引起了重案始祖黄志诚（黄秋生饰）的警惕，派警校学生陈永仁（肖恩饰）潜入倪家长期卧底。线人刘建明（陈冠希饰）被安装。三年后，生意兴隆的倪永孝可以高枕无忧，决定一举消灭五位首领，但因疏忽大意，韩沉落网。1997年，在灾难中幸存下来的韩晨再次出现在赛场上，为死去的同事报仇雪恨。黄志诚找他商量合作除掉倪永孝的事情，但很快就发现这是大错特错。永仁和刘建明在无间道的道路上越走越远。
