33年前，JAM突然通过传送门袭击了地球。经过多次战斗，地球军团成功击败了JAM到仙女。执行完任务后，零准备驾驶“雪风”返回途中，遇到了不知名的战斗机精灵。零判断是JAM，将其击落，但爆炸导致零受伤……休养期间，杰克免除了零的飞行任务，为零的复出打开了一个小窗口。宴会上，在醉酒的睡梦中，零看到了一些奇怪的景象……零接到了调查希尔芙的任务，但在任务期间却陷入了战斗。他不仅遭到攻击，系统也被JAM入侵，但最终他死里逃生，回到了基地。为了防止“雪风”落入JAM手中，杰克要求用一架无人战斗机FRX取代“雪风”，却遭到了零的反对，零在争吵后不高兴地离开了。为了查明真相，零和伙伴们私下将“雪风”号赶了出去，但后来被击落并切断了与基地的联系……这件事让杰克非常着急，他冒险前去和他的同事一起上了军事法庭。FRX一起出发，开始搜寻。零醒来后，被告知在前线基地，一名神秘士兵以修理“雪风”为借口，从零那里获取了雪风的密码。当零看到雪风对“雪风”的警告时，立即反抗并逃离了JAM创造的数据空间。然而遭到JAM的追击，“雪风”再次被击落……就在零绝望之际，雪风克制了FRX前来救援，并将所有数据转移给了FRX。零号弹射后，FRX“雪风”被摧毁……零号在沙漠中昏迷不醒……
