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小智（松本梨香配音）来自真心镇，他的目标是成为神奇宝贝的顶级训练家。有一天，当他准备开始自己的训练家之旅时，却因为迟到而没有得到最初的精灵。见状，大木博士（石冢运翔配音）送来了一只不愿进入神奇宝贝球的皮卡丘，对迷路的年轻人十分调皮。于是，两人踏上了神奇宝贝之旅。旅途中，他们之间的隔阂逐渐被打破，他们结识了同伴城子（佐藤宽里配音）和宗吉（本乡奏多配音），并听到了关于凤凰王的传说。“受到彩虹羽毛的指引，遇到凤凰王的人，将成为彩虹战士……”本片的剧场版是动画系列的第二十部电影。电影情节改编自动画系列第一集，描述小智和皮卡丘成为神奇宝贝大师的冒险之旅。
