故事讲述了在这个与东京西部隔绝的城市里，“超能力培养”被列为学校课程的一部分。230万人口中，80%是学生，故称“学堂”。在元城，他们每天都在争夺超能力的发展。根据能力的不同，分为无能力（Lv0）到超能力（Lv5）6个等级。故事的主人公上条当麻是学园里的无能者，但也不是完全无能，只是他的能力是让所有超自然的效果无效化。只有他的右手可以使用这种能力，他将自己的能力命名为“梦想杀手”，甚至可以抹杀上帝的奇迹。又因为他的右手仿佛抹去了神所有的祝福，我一直过着悲惨的生活。某个夏日，在他家的阳台上，他遇到了一个修女。少女自称名叫茵蒂克丝，从魔法世界逃了出来，现在被魔法师追杀。.就这样，上条当麻踏入了诡异而美丽的世界，开始了战斗……掌握了十万三千本究极魔法书（魔法书）的少女与拥有抹去一切的神之手的少女奇迹少年，将面临一系列的故事……
