在席卷世界的大灾难“第二次冲击”之后，世界在废墟之上重建。14岁的男孩碇真司被父亲碇元和召唤到新东京第三城。他以为自己会看到父亲迎接自己，却看到了一个名叫“使徒”的巨大生物正在与军队作战。危急关头，特工NERV的葛城美里救下了真嗣，并在本堂碇的带领下将他带到了NERV总部。但迎接真嗣的是父亲冷酷的命令，要驾驶名为“EVA”的巨型人形机器人与使徒们战斗。已经表示拒绝的真嗣在看到重伤的替补车手绫波丽后，决定听从父亲的命令。就这样，从未接受过战斗训练的真嗣准备驾驶EVA-01迎战使徒们。身份不明的绫波丽，身份不明的使徒，以及来自德国的车手苍龙明日香兰利，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇原都静静观察到，一个名为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
