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在繁华时尚的忍者岛上，乐高反派们过着快乐无忧无虑的生活，除了……邪恶的恶魔加曼杜（贾斯汀·塞鲁克斯配音）每隔一段时间就会受到入侵和骚扰。当然，多亏了勇敢无畏的幻影忍者，他们一次又一次地自告奋勇，与魔王作战，将忍者岛从被邪恶统治的危险中拯救出来。绿忍者劳埃德（戴夫佛朗哥戴夫佛朗哥饰）是卡曼杜的亲生儿子，不知道他忍者身份的市民经常嘲笑和辱骂劳埃德。郁闷的青年只好将怒火倾泻在以破坏为乐的加曼杜身上。在又一次挫折之后，加曼杜带着更强大的军团回来了。关键时刻，劳埃德激活了吴大师（成龙配音）使用的终极武器停止使用，最终给忍者岛带来了毁灭性的灾难。为了拯救忍者岛，幻影忍者穿越山河，甚至与加曼合作……
