位于东京西部的巨大“学城”是一座总人口230万的城市，其中约80%是学生。实施了发展超级技能的特殊课程。从0”到“超能力5级”的六阶段评价。高中生上条当麻也是住在学园都市的学生之一。由于右手中隐藏的力量——“想象破坏者”只要是神通之力，连神佑都能解除的人，以洛孙山之名被评价为“无能”，过着不幸的生活。而上条的学生生活因为清纯而发生了翻天覆地的变化暑假伊始从天而降的白修女。自从遇见从“魔法”世界“禁书索引”逃出来的她后，上条就卷入了各种事件。统治的“科学”一方学园都市和与茵蒂克丝相关的“魔法”一方，在以惊险的方式解决双方事件的过程中，人际关系逐渐扩大。十字军在魔方，终于注意到了上条的存在……正如常有的附和魔方一样，科学方的学园都市也动了起来。然而，也有人在与逐渐开始反对的世界潮流作斗争。那些通过与上条联系而改变命运的“英雄”。他们站在世界面前。就像上条当麻那样。当科学与魔法第三次交织在一起时，故事将会发生巨大的进步！！
