2029年3月的某一天，某国大使馆被一群进行过大规模假肢改造的武装人员入侵，密密麻麻的外国使节及其亲属被劫持为人质，形势极为严峻。紧迫的。草薙元子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、户草（新垣太郎配音）等有能力的部下，制定周密的营救安置。谁知道，当一切都按计划进行时，却突然发生了。与此同时，在大使馆不远处的一座摩天大楼里，日本首相被密码箱炸弹暗杀，元子的前任上司、陆军501机构的负责人黑兹（浅野真由美饰）被也在爆炸中丧生。经过仔细调查，本子等人制造了一种可以篡改评论的病毒，正在网络上传播，而她的身世其实与一系列事件息息相关。危机时刻，阴谋已悄然浮出水面……本片改编自政宗士郎的同名原作，时隔25周。
